В игре Syphon Filter юзеры возьмут под управление двух специальных агентов по имени Габриэль Логан и Лиан Синг. Герои вынуждены разбираться с проблемой террористов, что создают неприятности для мирных городов. Игроки будут работать на специальное Агентство, что выдает задания для протагонистов. Придется отправиться в опасное путешествие, посетив различные регионы планеты. Пользователи будут заниматься расследованием дела, а также поиском пропавшего оперативника Эллис, что последний раз находился на территории Коста-Рике.

Игрокам в Сифон Фильтр придется разбираться с биологическими атаками, которые совершают преступники. Приходится осматривать различные локации, пробираться на вражеские базы и сталкиваться с противниками в боевых стычках. Передвигаться персонажем по карте предстоит с видом от третьего лица, полагаясь на скрытность. В игре необходимо проходить уровни, где в основе лежат стелс-механики. Выйдет бесшумно пробираться мимо врагов, а также устраивать диверсии. В бою герои применяют широкий арсенал огнестрельного оружия и уникальные гаджеты.

Приключения Габриэля и Лиан приводят к встрече с колоритными антагонистами, в лице которых выступают Эрих Роймер (преступник мирового масштаба, что сделал вирус Сифон Фильтр), Томас Маркинсон (военный США, что является главой Агентства), Эдвард Бентон (помощник директора), Мара Аврамова (наемница), Антон Гирдо "Гирдекс" (специалист Ромера по оружию), Павел Кравитч (связист), Хорхе Луис Маркос (пиротехник), Владислав Габрек (охранник на базе в Казахстане) и Джонатан Фаган (создатель PhamCom Industries, Inc).