Приключения в Syphon Filter 3 позволяют узнать историю Агентства, что принимает участие в боевых операциях. Главные герои будут вспоминать о событиях прошлого, перенося игроков в различные эпизоды. Сюжет будет подаваться через уровни, где предстоит передвигаться протагонистом по карте с видом от третьего лица и разбираться с трудными испытаниями. Геймплейные механики заточены под стелс прохождение, где придется противостоять противникам и решать пространственные головоломки.

Сюжетная линия в Сифон Фильтр 3 повествует про оперативников Габриэля Логана и Лиан Ксинг, что побывают в напряженных авантюрах. Юзеры пронаблюдают за приключениями в Токио, где нужно устранить генерала Ши Хао (Лидер Красной Армии "JRA") и вызволить из плена заложницу. Также выйдет посетить территорию Коста-Рике, Афганистан и т.п. В процессе прохождения, юзеры будут попадать в разные воспоминания Габриэля и Лиан, что вынуждены давать показания в качестве свидетелей.

Путешествия протагонистов дают возможность пользователям:

• Погрузиться в атмосферные испытания, где выйдет побывать в различных уголках планеты.
  
• Опробовать геймплей, где приходится полагаться на скрытность и бесшумное продвижение.
  
• Участвовать в перестрелках с противниками, а также искать альтернативные пути для выполнения заданий.
  
• Познакомиться с колоритными персонажами, что будут фигурировать в истории: Тереза Липан, Лоуренс Муджари, Эллис, Мэгги Пауэрс, Винсент Хэдден, Мара Арамова, Найджел Каммингс, Самуэль Джонс, Веник Смит, Шейвон Дехезус, Сильверс и Ши-Хао.
  
• Столкнуться с мини-играми, загадками и уникальными экземплярами экипировки (оружие, вспомогательные предметы и т.п.).