В Space EXODUS нужно управлять различными летательными аппаратами, сражаясь с космическими пиратами, атакующими со всех сторон. Планер можно кастомизировать, добавляя различные улучшения для более эффективного уничтожения врагов. Любители массивной техники также могут встать за штурвал гигантского крейсера, чтобы мочить недоброжелателей с еще большей мощью. Воевать можно не только из космоса, но также с земли, используя стационарное оружие. Благодаря широкому выбору пушек управление в Space EXODUS становится разнообразным и каждый сможет найти что-то себе по душе. В игре присутствует модульная система. Геймплей заключается в противостоянии потоку противников, которые наступают последовательными волнами. Это достаточно болезненный опыт из-за их способностей и подготовки. Сильный враг способен уничтожить корабль главного героя за пару выстрелов.

Энергетический щит восстановить нельзя, если он разрушен, придется использовать обычную броню. Также будет трудно восстановиться: как только закончится первый поток инопланетян, начнут наступать следующие группы. Если после предыдущей битвы у персонажа израсходовалась большая часть здоровья и энергии, выстоять новую волну будет сложно. Туториалов нет, кнопки контроля настроить нельзя, но в меню параметров есть описание клавиш и команд. Для ускорения используется Tab, цель выбирается при помощи N и M, перемещаться нужно, нажимая WSAD, а угол камеры изменяется мышью. Автоматический прицел не предусмотрен, поэтому если не настроить его вручную, снаряд не попадет по врагу.