Tex Murphy: The Pandora Directive переносит игроков в Сан-Франциско апреля 2043 года, где после Третьей мировой войны на ландшафте остались следы конфликта. Этот сеттинг представляет мир, разделенный на две группы: Мутанты и Нормы. Игроки вступают в роль Текса Мерфи, частного детектива, известного своим быстрым умом и находчивостью. История начинается с того, что Текс получает звонок от Гордона Фицпатрика, который просит помочь найти его пропавшего друга, Томаса Мэллоя. То, что начинается как простое дело о пропаже человека, быстро превращается в сложное повествование, наполненное интригами и саспенсом.

По мере того как Текс копается в тайне, он обнаруживает слои заговора, переплетающиеся с историческими событиями, в частности со слухами о крушении НЛО в Розуэлле, штат Нью-Мексико. Сюжет Tex Murphy: The Pandora Directive сгущается в связи с таинственными действиями военных вокруг комплекса в Розуэлле, вызывая вопросы об истинной природе событий. Расследование Текса ведет его через различные окружения, позволяя геймерам исследовать богато детализированный мир. Свобода передвижения в игре означает, что игроки могут взаимодействовать с окружающей средой, ища подсказки, которые могут указать на истину. Взаимодействие с окружающей средой становится важной частью опыта, поскольку каждый объект может содержать кусочек головоломки. Персонажи, с которыми сталкивается Текс, так же разнообразны, как и сама обстановка.