В самом начале Shovel Knight: Specter of Torment геймера знакомят с Призрачным Рыцарем, тогда еще живым человеком Донованом. Вместе со своим другом Луаном они разыскивают волшебный амулет в Башне Судьбы, сталкиваются с Щитовым рыцарем, которая пытается помешать людям пробудить черную магию артефакта. Во время битвы за обладание амулетом, все трое проваливаются в пропасть, рыцарша превращается в Чародейку, Луан погибает, а Донован становится Призрачным рыцарем, который соглашается собрать для колдуньи Орден не знающих пощады в обмен на свободу.

В Shovel Knight: Specter of Torment некоторые параметры претерпели изменения, например, теперь уровень здоровья называется "воля", а показатель магических способностей "тьма". В игре присутствует самонаводящаяся атака, для которой достаточно подпрыгнуть и жертва будет выбрана автоматически. Помимо этого, следует контролировать наклон главперсонажа, силу удара и другие показатели, чтобы нанести урон противнику, при этом не пострадав самостоятельно. Призрачный рыцарь не умеет преодолевать расстояния по воздуху, единственной альтернативой полетам является бег по стенам. Плюс персонаж умеет совершать прием "Рывочное рассечение" которое способно нанести до 1 единицы урона противнику.

Были добавлены новые уровни, дополнительные мини-игры, но при этом удалена карта местности. Вместо этого теперь есть возможность телепортировать в любую точку через вошебное зеркало. На некоторых локациях есть разноцветные железнодорожные пути, которые смогут привезти игрока в самые разнообразные места, в зависимости от оттенка. На всех миссиях можно будет найти драгоценные артефакты. Есть красные черепа, которые открывают небольшие дополнительные задания, зеленые увеличивают процент жизней у протагониста, а так называемые души можно прокачать, найдя пурпурные ископаемые.