9-nine-:Episode 1 переносит геймера в заурядный студенческий городок с названием Широмицугава. Это место предприняло пару провальных попыток возобновить туризм и показать себя всему миру. Также они попытались спонсировать высокобюджетное, но плохо написанное аниме, созданное на основе местного фольклора. Но через время на сонное поселение обрушивается смертельно опасная буря.

Главный герой – Какеру Нийми, человек, способный быть резким и невоспитанным, но внутри он обладает самым добрым сердцем и большой ответственностью за свои поступки. Он проживает обычное студенческое время, но однажды сталкивается с разрушением связанной реликвии местного храма. Несколько молодых парней и девушек получили сверхвозможности и магические способности, с которыми начали взаимодействовать случайно. Задача центрального персонажа – добраться до серийного убийцы, обладающего нечеловеческими умениями, чтобы остановить серию из многочисленных жертв.

Геймплей представлен в виде многосерийного сериала с не состыкованными историями в каждом эпизоде. Пользователю предоставлена система выбора в диалогах и действиях подопечного. От этого зависит концовка каждой главы. Галерея сохраняет понравившиеся саундтреки, отрезки из фильма и изображения. Все герои часто участвуют в разговорах, озвученных профессиональными актерами.