Сталкер SFZ Project: Episode Zero - пролог большой глобальной истории про наемника Сокола. Модификация имеет свою сюжетную линию и множество уникальных игровых систем. События развиваются в 2017 году. Зона оказалась в центре Выбросов, которые уничтожили почти все живое. Остались лишь единицы выживших. Ученые из Янтаря отправляют профессора Сахарова и группу исследователь к Саркофагу, чтобы те разобрались в причинах происходящего.

Связь с экспедицией утеряна и теперь Соколу необходимо принять предложение Сахарова, чтобы попытаться достичь базы на Янтаре, где он сможет получить важные инструкции по дальнейшим действиям. Помимо сюжетной кампании, Stalker SFZ Project: Episode Zero имеет дополнительный режим Побег из Кордона. Его желательно проходить после окончания кампании. Основная сюжетка имеет как главные, так и второстепенные цели. Представлено огромное количество интерактивных элементов взаимодействия с КПК. Протагонист носит с собой различные электронные девайсы, GUI-записи и т.д.

В игре представлены новые персонажи. Каждый герой в Сталкер SFZ Project: Episode Zero имеет свою историю и бэкграунд, а также выдает уникальные квесты. Улучшилась диалоговая система, переработан интерфейс, добавлены совершенно новые уровни и многое другое. Можно получать награды, такие как Хранитель Душ, Назад во Времени и т.п. События происходят на 14 локациях: Металлургическая фабрика, окрестности деревни, Темная долина, Мертвый город и т.д.