Приключения в Area-X показывают историю девушки по имени Эльсия, путешествующей сквозь время и пространство. Игроки погружаются в атмосферную визуальную новеллу, совмещенную с жанром аркадной адвенчуры. Приходится проходить через шесть сюжетных глав, чтобы разгадать загадки мистического окружения, в котором оказывается протагонистка. Путешествуя между измерениями и разнообразными мирами, придется выполнять миссии и совершать выборы, оказывающие влияние на судьбу маленькой и хрупкой девчонки.

Сюжетная линия в Area-X повествует про далекое будущее, где человечество вынуждено проживать глубоко под землей. Жизнь представляет собой постоянную борьбу за выживание с применением технологичного оборудования. Одна образованная организация стремилась достичь процветания и положить конец мучениям народа, застрявшего в подземельях на глубине 1000 метров. Эльсия выступает героем, желающим отправить людей назад в прошлое, чтобы заполучить полезные ресурсы и справиться с трудной ситуацией при помощи машины времени.

В процессе приключений молодой и отважной девушки, геймеры столкнутся с разными народностями, обитающими в далеком прошлом на поверхности Земли. Предстоит выполнять роль переговорщика, чтобы обсуждать с людьми проблемы будущего и запрашивать поддержку в виде полезных ресурсов.

В один момент девчонка попадет в неизвестное измерение, наполненное множеством тайн и неожиданных встреч. В игре присутствует романтика, а также возможность завести отношения с другими обитателями вселенной. В процессе решения сложных моральных дилемм, получиться добиться одной из девяти доступных концовок.