Prototype: outpost 3 позволяет пользователям очутиться в роли парня, что прибывает на базу Клифф-Маунтин в период постапокалипсиса. Предстоит отправиться на схватки с преступниками и предложить помощь для местных жителей, что оказались в опасной ловушке зараженной местности. Игра выполнена в жанре шутера от третьего лица, где юзеры будут перемещаться по карте и вступать в перестрелки с противниками. Приходится заниматься выполнением заданий от жителей и командиров, находящихся на базе. Приехав на заставу под третьим номером, игроки смогут получить поддержку в виде ресурсов или людей, что будут сражаться на стороне протагониста.

Молодой юноша в Прототип: аутпост 3 поедет в деревню Таохуа и городок Хэкуо, чтобы выручить жителей от странной болезни. Придется отстреливаться от одичавших зверей, рейдеров и искать возможность для лечения заболевания. Главной задачей становится поиск лаборатории, чтобы найти секретные документы и разобраться в проблеме. Герой будет путешествовать в одиночестве, пока не получит в напарники боевых товарищей. На выбор может быть доступно не более трех компаньонов, что помогают в перестрелках и выполнении миссий. В игре упор сделан на сюжетную линию повествования, где будет раскрываться жестокая правда о случившемся постапокалипсисе, что привел поверхность планеты и людей к таким ужасным изменениям.