Final DOOM включает два новых 32-уровневных эпизода второй части. Сюжет рассказывает о том, как UAC продолжила проводить исследования на лунах Юпитера. Но недавно над ними пролетело космическое судно, которое они посчитали кораблем снабжения. Из этого объекта посыпались сотни смертоносных демонов, уничтожив всю базу, превратив ее в кровавый бассейн. Товарищи главного героя были быстро убиты и зомбированы.

Вторая глава The Plutonia Experiment рассказывает о попытках лучших ученых нации закрыть портал, чтобы монстры больше не лезли из семи Врат Ада. Им удалось остановить практически все врата, но один остался открытым. Протагонисту потребуется в одиночку пробраться в уничтоженный комплекс, сразиться с демоном Gatejeeper и разрушить оставшиеся двери из Преисподней.

Геймплей идентичен предыдущим частям и практически не имеет изменений в графике. Оружие, предметы и монстры не отличаются от оригинальной версии, но здесь увеличена сложность прохождения, путем усиления монстров и добавления затруднительных головоломок с ловушками. Игрок перемещается по коридорным локациям, сражается с демонами и натыкается на секретные места. Исследуя местность, можно обнаружить полезные предметы или пасхалки. В конце прохождения повстречается босс, который охраняет последние врата.