CLANNAD HD – история об ученике по имени Томой Окадзаки. Главный герой – печальный пессимист, к чему он пришел из-за собственного прошлого. Он ненавидит свою жизнь и пытается ответить на вопрос, поменяется ли когда-нибудь его окружение. Всё началось с того, как Окадзаки пережил смерть своей матери. После этого он стал нарушать правила в средней школе Хикаридзака.

Данная версия имеет улучшенные визуальные эффекты с рисованными картинками. Геймплей представлен в виде визуального повествования, где пользователь наблюдает за жизнью центрального персонажа. Лица героев, задние фоны и другие визуальные моменты были переработаны и представлены в улучшенном виде. Однажды Томоя сталкивается с таинственной девушкой Нагисой. Она такая же преступница, как и он, оставшаяся на повторный год учебы. Во время короткой встречи оба приходят к выводу, что они могут быть хорошими друзьями.

Проект включает Dangopedia, внутриигровую энциклопедию. Юзер сможет воспользоваться этой функцией, чтобы понимать аспекты японских традиций и их поп-культуры. В визуальной новелле предстоит наблюдать за жизнью подопечного, участвовать в многочисленных диалогах и совершать выборы. В зависимости от действий юзера история идет по другому пути и преподносит разные концовки. Включены достижения и меню для просмотра своего прогресса.