Сталкер Мизери представляет собой модификацию игры, при этом не изменяя ключевые моменты сюжета. Разработчики оставили линию повествования прежней вместе с основными "фишками", но поработали над графикой и лучшей детализацией пространства. Теперь игроку придется выживать, блуждая по умирающему миру в поисках пропитания. Главный герой агент Дегтярев исследует давно разрушенные города, попутно изучая разбившиеся вертолеты и следы пропавших ранее военных.

Ключевым моментом в S.T.A.L.K.E.R. MISERY является система классов. В начале игры теперь можно выбрать Снайпера, Штурмовика или Разведчика. Помимо стартового снаряжения и предрасположенностей, от выбора будет зависеть и умения своего персонажа. Например, стрелок будет более вынослив и сможет не тратить много времени на отдых, при этом пехотинец сможет преодолевать большие расстояние, нести с собой больше амуниции. Разведчик скрытный и тихий, от чего проходить миссии без потерь будет проще. Еще в игре добавлена охота на мутантов, которая является дополнением к основным сюжетным заданиям. Например, можно будет сразиться с электрохимерой, изломом, титановым мертвецом или даже библиотекарем.

В мод добавили улучшенную маскировку для всех костюмов, а еще повысили режим стелса. Основная фишка дополнения основана на реализме поэтому например, оружие с отсвечивающими на солнце деталями будет уменьшать процент скрытности. Все классы мобов в игре стали быстрее передвигаться по локациям, кроме того, искусственный интеллект стал лучше, благодаря чему мутантов нельзя заманить в опасные для них аномалии. Эти явления в моде стали агрессивнее, из-за чего даже в специальной экипировке пробраться через местность без потери жизненных сил не получиться.