Submerged: Hidden Depths представляет собой сиквел. В оригинальной игре под контроль давали Мику, что искала лекарство для своего брата Таку. Он тогда получил серьезное ранение и едва не умер. В продолжении позволяют играть и за родственника. Действие всё так же происходит в постапокалиптичной альтернативной реальности. Из-за некой катастрофы поднялся уровень воды, и города оказались затоплены. Людей осталось не так много, а кроме представителей человечества и морских обитателей на Земле теперь живут загадочные гуманоиды.

Жанр у второй части остался прежним. Submerged: Hidden Depths – это приключенческая игра в частично открытом мире. Герои путешествуют на лодке по затопленным руинам городов. Они периодически вылезают на сушу и карабкаются по заброшенным и разрушенным небоскребам.

По сюжету протагонистка получила странную силу. Девушка хочет использовать её во благо людей. А парень переживает, что этот дар может разделить его с сестрой. Герои умеют управлять плавучим транспортом, бегать, прыгать, подниматься по лестницам, лазать по карнизам, съезжать вниз по натянутым тросам и так далее. В игре встречаются эпизоды, где надо заниматься паркуром. Как и в оригинале, здесь нет сражений с противниками, как и врагов в принципе. Упор в геймплее делается на изучение локаций, преодоление препятствий, поиск и сбор предметов.