Natural Doctrine представляет собой фэнтезийное приключение, где пользователям предстоит погрузиться в одиночный или многопользовательский режим прохождения. Главным героем выступает Geoff, которого будут сопровождать две спутницы: Anka и Vasily. Каждый персонаж обладает уникальными боевыми способностями, что зависят от их специализации. В игре придется участвовать в пошаговых сражениях, где необходимо продумывать тактические маневры и последовательность действий на поле боя, получая преимущество за счет окружения и навыков героев.

Игрокам в Natural Doctrine приходится продвигаться через опасные территории, находящиеся за пределами Фесте. Выйдет повстречать агрессивно настроенных противников, среди которых будут минотавры, гоблины, орки и прочие монстры. Некоторые враги создают базы и укрепления, через которые придется пробиваться протагонистам истории. В боях выйдет использовать холодное оружие (мечи, топоры и т.п.) или магические заклинания, что позволяют наносить урон по площади, задевая несколько вражеских юнитов или накладывая на них дебафы.

Во время приключений, герой Geoff будет применять одноручные и двуручные мечи, представляя класс "универсального воина". Его напарницы Anka (военный медик) и Vasily (воин-гвардеец) будут помогать в битвах, оказывая поддержку своими скилами. Помимо сюжетных персонажей, выйдет встретить второстепенных НПС, что могут присоединиться к отряду: Zekelinde (мужчина-воин), Mel (повелительница големов), Nebula (парень-волшебник), Tatyana (девчонка-стрелок), Ernestine/Erna (старшая сестра Vasily) и Ingbert Gomori (таинственная женщина-маг).