Yakuza Kenzan! является своеобразным продолжением обширной игровой вселенной. Отойдя от привычных нам современных городских пейзажей, эта часть игры переносит игроков в исторический Киото эпохи Эдо 1605 года, погружая их в яркий гобелен древней Японии. В основе игры - знакомство с легендарным Миямото Мусаси, опытным фехтовальщиком, который неожиданно устраивается работать телохранителем в живописном районе Гион в Киото.

Повествование принимает интригующий оборот, когда в игру вступает девушка Харука, которая обращается за помощью к Кадзуманосуке Кирю, удивительно похожему на Мусаси. Просьба Харуки проста и в то же время загадочна: она просит Кирю устранить самозванца, выдающего себя за Миямото. Поначалу нерешительный, Кирю резко меняет свое решение, когда Харука жертвует своим будущим, вступая на опасный путь куртизанки, чтобы финансировать таинственное убийство. Yakuza Kenzan! выделяется на игровом рынке тем, что выходит за рамки традиционных приключенческих экшенов, сочетая в себе элементы жанров RPG, hack and slash и beat 'em up. Наряду с захватывающими боевыми действиями, игра погружает в исторические и культурные аспекты Японии XVII века. Игроки сталкиваются с такими ключевыми событиями, как битва при Сэкигахаре, знаковыми местами, такими как додзё Ёсиока и храм Ходзоин, а также с множеством персонажей, вдохновленных реальными историческими личностями, включая грозного Сасаки Кодзиро и влиятельного Токугаву Иэясу, правящего сёгуна Японии.