MOTHERGUNSHIP позволяет продемонстрировать весь свой инженерный гений. Экшн-рогалик дает возможность играть с другом бесплатно на пиратке, сражаясь с армией роботов, захвативших Землю. Проходить кампанию можно по интернету онлайн или в одиночку. Необходимо уворачиваться от атак врагов, прорываясь к главному ядру инопланетного флота. Геймплей MOTHERGUNSHIP представляет собой смесь классического даммаку с FPS.

Перед началом миссии требуется ознакомиться с брифингом и выбрать экипировку, находясь на корабле. Сетевая игра предлагает пройти сюжет вместе с напарником. Доступна глобальная карта, на которой изображена вся Земля. На ней выбираются задания. Герои способны высаживаться на территории той или иной страны. Прокачка шаттла осуществляется по принципу XCOM. В возможность бесплатной сетевой игры входит совместная модернизация корабля. Добавляются мастерские, комнаты оборудования, вспомогательные помещения и т.д.

Элемент рогалика делает приключение непредсказуемым, генерируя игровые ситуации, расположение врагов и многое другое. Основной упор делается непрерывный экшн. Время от времени на связь выходят люди из главного штаба, будь-то начальство, кураторы, роботы-механики и т.п. Оружие собирается из самых разных модулей. Создаются уникальные пушки, состоящие из разнообразных деталей и запчастей. На уровнях собираются предметы, монетки, кристаллы и другие объекты. На них можно прокачивать три параметра экзоскелета: прыжки, здоровье и скорость. С каждым новым этапом сложность увеличивается.