Three kingdoms story: Conussia разворачивается в стенах королевского двора королевства Конуссия. Повествование начинается со знаменательного события: исчезновения правителя. В этой ситуации в центре внимания оказывается молодая принцесса, которая становится следующей в очереди на трон. Однако сценарий не так прост. Королевская армия вышла из недавнего конфликта значительно ослабленной, столкнувшись с темными силами, которые оставили свой след в королевстве. К тому же единственный выживший маг отличается скорее трусостью, чем доблестью, покинув свой пост в пылу сражения.

Попав в королевство Конуссия, геймеры берут на себя роль незнакомца, который неожиданно спасает принцессу от попытки похищения. Этот героический поступок не остается незамеченным. Вместо этого он вводит юзера в бурную политическую жизнь королевского двора. Различные группировки, каждая со своими амбициями и планами, кружат вокруг принцессы, борясь за контроль над ней и ее королевством. Политические интриги сгущаются, создавая паутину союзов и предательств, в которой игрокам предстоит ориентироваться. Каждое принятое решение имеет вес, часто приводя к далеко идущим последствиям, которые могут изменить ход повествования. Структура Three Kingdoms Story: Conussia отличается нелинейным развитием сюжета, позволяющим получить несколько концовок в зависимости от сделанного игроками выбора. Такой дизайн поощряет исследования и эксперименты.