Crystal Crisis - казуальная трехмерная головоломка в аниме-стиле. В игре сошлись персонажи различных вселенных, чтобы противостоять общему врагу - злобному ученому и его приспешникам. На первый взгляд геймплей представляет собой типичный файтинг, но бой при этом протекает с использованием пазлов. Героям нужно на скорость составлять комбинации из геометрических фигур. Чем быстрее и успешнее игрок справляется с заданием, тем сильнее атаку он может провести.

На выбор предоставлено 20 бойцов, среди которых Quote и Curly Brace из игры Cave Story, Isaac из одноименной The Binding of Isaac, Astro Boy и Black Jack из платформера Umihara Kawase и много других! Каждый персонаж имеет свой набор движений, характеристики и музыкальную тему. Каждый болванчик также содержит так называемый индикатор “Взрыва” (Burst) - состояние, достигаемое при успешном сборе кубиков. По сути, это аналог суперудара, дающий совершить на выбор три действия: лечение, защиту или мощную атаку. Всего в игре порядка 40 видов особых ударов. Crystal Crisis предлагает на выбор множество режимов: Аркада, Выживание, Командная игра и Обучение. Есть дополнительный режим “Истории”, отличающийся несколькими разветвлениями в ходе прохождения. Функция “Дальтонизм” - уникальная настройка для людей, страдающие дальтонизмом и помогающая распознавать цвета в игре.