События S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky - Old Story стартуют в 2011-м году, спустя пять лет со Второй катастрофы. В районе Зоны участились выбросы, из-за чего открылись ранее неизведанные пути. За новые территории началась клановая вражда. Сюжет является приквелом Теней Чернобыля, развивающийся за год до того момента, как Стрелок совершит третью вылазку к центральной части Зоны Отчуждения.

Игра происходит от лица бойца Шрама, а также дает взглянуть на группу Стрелка с другого ракурса. Аддон задает несколько вопросов: с чем столкнется герой и с какими личностями сведет его дорога? S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky - Old Story содержит множество изменений, главное из которых - сюжет и множество дополнительных квестов, являющие собой полноценные отдельные истории. Создатели попытались вернуть атмосферу настоящего Сталкера и подчеркнул ее мрачной и дождливой погодой. Но помимо этого, мод включает множество новшеств:

• Шустрый, Хог, Бродяга, Суслов и Тропник претерпели некоторые визуальные изменения;
  
• новые переходы между Зонами;
  
• новые модели мутантов, костюмов, оружия и т.д.;
  
• добавлены звуки окружения, костров, монстров, и многие другие;
  
• возможность прокачивать оружие и бронекостюмы;
  
• появился Бармен - торговец, продающий дорого все, что угодно;
  
• добавлена территория Темной Лощины.
  

Также улучшения коснулись текстур, анимаций, погодных условий и различных природных эффектов. Немного перебалнасировано содержание тайников и переделана коллизия тел. Территории обзавелись новой растительностью. Кроме того, проведена невероятная работа по устранению багов и недочетов на многих локациях.