Avernum 2: Crystal Souls продолжает события предыдущей части трилогии. Главный герой убил жестокого правителя поверхности. Однако смерть лорда не положила конца войне. Ради мести поданные Империи спустились под землю и устроили большую чистку, уничтожая население пещер. Нужно остановить кровавую бойню и дать отпор вторженцам.

Под командование игрока переходит отряд из 4 персонажей. Есть несколько рас: люди, нефилы (похожие на кошек) и ящеры. Существует 10 типов героев: колдуны, солдаты, берсерки, лучники и другие. Выбор класса определяет начальные умения. Всего можно освоить 28 навыков – от владения оружием ближнего боя до оказания первой помощи. Также имеются магические артефакты, дающие способности – атакующие, благословляющие и лечащие заклинания.

По мере прохождения уровень персонажа повышается. Очки опыта добываются в сражениях. Действует система пошагового боя – во время хода противника нельзя ничего предпринять. В битве герои используют оружие для разных дистанций и волшебные приемы. Получаемый урон снижает броня. Авернум 2: Кристальные души обладает большим миром, открытым для изучения. На карту нанесено более 100 городов и подземелий. Здесь живет много разных рас, отличающихся внешним видом и культурой. Геймплей включает 3 основных квеста – разные пути борьбы с чужаками. Можно пройти только один или все. Концовка меняется в зависимости от сделанного выбора. Кроме сюжетных миссий есть побочные задания, не влияющие на сюжет – из разряда "найди-принеси".