В мире Funky Karts долгое время существовала гармония между всеми видами, которые проживали в вымышленном мире Фанкилэнда. Они настолько жили в гармонии и мире, что многие виды стали скрещиваться с друг другом, в результате чего породилось множество причудливых гибридных животных, которые стали населять три королевства.

Король уток заболел, а его место на троне занял король драконов. Поэтому необходимо взять управление королем Гроларом, чтобы на протяжении 32 миссий найти лучших врачей царства. Funky Karts о том, как только лишь один герой способен изгнать темного властелина и привнести в мир Фанкилэнда мир и покой.

За время игры предстоит неоднократно проверять свою ловкость, реакцию и точность. Транспорт по-аркадному комично себя ведет, перепрыгивая через платформы или отталкиваясь от одной отвесной стены к другой, карабкаясь наверх. Предстоит машину использовать в качестве пушечного ядра, вылетая из бочки и т.д. Предстоит пройти множество препятствий, освобождая друзей и лекарей, чтобы король уток вновь поднялся на ноги и привел все три владения к процветанию.