В Tom Clancy's Ghost Recon игрок может взять под контроль целое спецподразделение. Здесь нет главного героя, пользователь выступает в качестве командира, который в любой момент может проходить за любого из солдат своего отряда. В начале каждой миссии в тактическом шутере юзер выбирает себе в подчинение шесть бойцов. В игре доступны по два снайпера, пулеметчика, гранатометчика и шесть автоматчиков. Можно управлять такими отрядами, как Чарли, Альфа и Браво и устанавливать для каждой группы конкретный маршрут и действия. Группировка способна отправиться в разведку, действовать в соответствии с обстоятельствами, а также атаковать противника.

История Призрачного отряда Тома Клэнси повествует о том, как власть в РФ удалось захватить радикальным ультранационалистам в 2008 году. Радикалы желают восстановить Советскую Империю, и такие страны, как Казахстан, Украина и Беларусь уже начали попадать под власть России. Таким образом создается государство под названием Российский демократический союз во главе с Дмитрием Арбатовым. Тем временем танки захватчика стоят на Юге и на Западе, чтобы ударить в самый подходящий момент.

На миссию можно брать два типа вооружения, это основное, например, автомат или винтовка, и дополнительное - гранаты, пистолеты, боеприпасы. В процессе нет возможности запасаться боеприпасами, поскольку боекомплект имеет ограничения. Для открытия соло-прохождения, игроку предстоит пройти миссии в режиме кампании. Выполняя дополнительные задачи, геймер получит специальных солдат с уникальным вооружением и прокачанными навыками, а также боевые очки. Они позволяют повысить выносливость, скрытность, и прицеливание. Военная техника, например, танки и разные установки - это независимые юниты, не нуждающиеся в управлении юзером. Танки имеют в распоряжении фугасные снаряды и пулемёты с бесконечными патронами. Они способны уничтожить бронетехнику противника с одного попадания.