Сюжет Hitman: Contracts был выполнен в виде воспоминания. Игра начинается с момента, когда Агент 47 подстрелен полицейским в Париже. Тяжело раненный, он добирается до арендованной квартиры, где теряет сознание, погружаясь в мир галлюцинаций и воспоминаний о своих предыдущих миссиях. Из двенадцати выполненных ранее миссий, найденных в воспоминаниях, только одна происходит в течение дня. Во время оставшихся одиннадцати заданий идет дождь и темно, что подчеркивает физическое состояние героя (истекающего кровью в квартире), а также беспорядки в его памяти.

В игре используются механики, представленные в предыдущей части, но также есть и новые элементы. Разработчики в первую очередь сосредоточились на более широком диапазоне возможностей для убийства поставленных целей. Практически в каждом задании удастся применить, как минимум, три совершенно разных способа убить выбранную цель. Создатели также сосредоточились на возможностях для фанатов, предпочитающих красться самостоятельно, без различных изменений в стиле одежды. Самое важное, что здесь наконец-то внедрили серьезные изменения в систему искусственного интеллекта, управляющего врагами. Когда Агент 47 обнаружен, охранники или солдаты активно, собираясь в группы, пытаются убить его, что значительно увеличивает опасность вступления в бой, поэтому лучше избегать раскрытия. По сравнению с предыдущей частью, главный герой обладает лучшей анимацией, и большое значение придается детализации окружающих локаций. За музыкальную обстановку вновь отвечает Джеспер Кид.