Учеба в школе и спасение мира сплелись в BLUE REFLECTION. Сюжет игры развивается в старшей школе Хосиномия. Главная героиня по имени Хинако Ширай начала учебный год позже чем нужно. Всему виной травма ноги, которую получила юная девушка в результате неудачной тренировке. Пролежав в больнице несколько недель протагонистка возвращается в школу, в подавленном состоянии, все мечты, надежды и стремления разрушены в один миг. Молодая леди закрывается от всех, и никого не подпускает к своему сердцу.

Героиня BLUE REFLECTION за время своей болезни познакомилась с двумя феями-волшебницами по имени Юзу и Лиме. Чародейки даровали Хинако силу превращаться в "Рефлектора". Теперь юная леди может не только совершить свою заветную мечту, но и должна спасти мир от разрушительной угрозы из иной реальности.

Сила "Рефлектора" позволяет девушке путешествовать между измерениями и сражаться там с разнообразными противниками. Каждая схватка представляет собой определенную ситуацию или проблему в жизни другого человека. И решение конфликта в потустороннем мире напрямую повлияет на жизнь реальных людей. В процессе спасения мира живых, протагонистка восстанавливает и свои душевные силы и залечивает моральные травмы. Мечта юной Хинако опять обретает крылья, а стремления девушки растут с каждым днем.