В Little Witch Academia: Chamber of Time объединяются магия и дружба, чтобы одолеть противников. Игра, созданная по мотивам японского мультсериала, позволит раскрыть секреты, что скрываются в академии Луна Нова. В процессе героиня и ее подруги исследуют подземелья и найдут 7 чудес, чтобы разгадать тайну разлома во времени.

В одной из европейских магических школ - Луна Нова учатся много девочек, которые любят магию, хотя в виртуальной Вселенной колдовство давно не ценится. Здесь девушки не только учатся - они дружат, влюбляются, переживают, ссорятся и мирятся. Хрупкая Акко с большими глазами - героиня, которая отличается упрямым и независимым характером. Изначально у персонажа не было магических задатков, но девочка отлично справляется с учебой и хочет доказать, что магия актуальна всегда. Из-за взрывного характера протагониста часто случаются конфликты с преподавателями и учениками. У Акко есть лишь две подруги: заучка в очках и печальная, но циничная эмо. Последняя часто экспериментирует с героиней, давая ей зелья собственного приготовления. С остальными школьницами часто случаются конфликты и ссоры, но общение с ними выводится на первый план в игре.

В процессе Акко будет перемещаться по всем помещениям Академии и выполнять разные задачи. Девочки и учителя просят то принести конкретную книгу, то цветок для смелости. Сюжет основан на изменении течения времени, поэтому ученицы переживают один день много раз, что отразилось на геймплее в виде обратного отсчета времени. Игровые персонажи действуют по расписанию: ходят, учатся, перемещаются, кушают, спят. Не успев выполнить задачу до окончания временного периода, этап начинается заново. Подопечный геймера действует в любой период суток, но периодически требует сна.

Девчонка имеет навыки усыпления, и использует заклинания в период боевых действий и между сражениями. Для этого стоит запастись разными зельями, позволяющими чинить предметы, вырубить охранника. Спеллы заключены в книге, они находятся и прокачиваются в процессе. В битве используются все умения, но нужно правильно подбирать магические действия. Решая временной катаклизм, команда девчат открывает катакомбы, где находится скрытая комната. Группа состоит из 3-х девушек, которые комбинируют свои скиллы, используют посохи, заколдованную бижутерию, и прокачивают свои способности.