Ys 6: The Ark of Napishtim - шестая номерная часть о приключениях Адола Кристины. Рыжеволосый герой отправляется на остров Канаан, где ему предстоит вписать новую историю в свой дневник. Протагонист путешествует со своим другом по имени Доги. В самом начале игры они попадают в передрягу, выбраться из которой им помогают пираты. В результате потасовки Адол просыпается на острове, где его встречают две девушки из расы Рэда по имени Иша и Ольга. Выясняется, что жители этих земель не сильно жалуют людей и на то у них есть причины.

Игровой процесс Ys VI: The Ark of Napishtim представляет собой изометрическую JRPG. Боевка состоит из нескольких различных ударов: серия обычных атак, оглушение в прыжке и способности. Навыки героя привязаны к конкретному мечу, которые герой носит с собой. Всего таких меча три на игру. Каждый меч имеет свои параметры и анимации ударов. Помимо основного квеста, доступно несколько второстепенных заданий. Одно задание можно получить почти в самом конце игры, а второе является сквозным и тянется почти все прохождение игры. Дополнительные активности представлены обменом. Общаясь с персонажами, они могут попросить какой-то конкретный предмет, который следует отыскать на локациях. Противники также, как и Адол, используют разные виды оружия, требуя к себе индивидуального подхода. По мере прохождения сюжета и исследования территории, будут поджидать хардкорны битвы с боссами. Присутствует полноценный антагонист, за которым герой будет гоняться на протяжении всей истории.