Alpha Hole Prison расскажет историю исключительно для совершеннолетних людей. В основе игры лежат сексуальные взаимоотношения парней. В центре сюжета парень из планеты Земля, которого осудили в межгалактическом суде. Его обвиняют в серьезном преступлении и отправляют в опасную тюрьму, где ему предстоит дожить остаток своих дней. Чтобы выживать в суровых условиях, ему предстоит соблазнять многих заключенных, чтобы обзавестись союзниками и получить защиту.

Тюрьма выделяется тем, что в ней содержат только преступников мужского пола. Заключенных собирают со всех точек галактики, поэтому данное место кишит разнообразием рас. Поскольку многие годы парни не видят женщин, они начинают удовлетворять сексуальные потребности с помощью друг друга. Взамен каждый из них обязуется прикрывать своего партнера.

Здесь действуют свои группировки и авторитеты. Каждый из них может насильственно брать того, кто придется по вкусу. При этом Alpha Hole Prison - A Yaoi, Gay, Bara Visual Novel неожиданными поворотами сюжета и предлагает узнать интересную историю многих персонажей, попавших в космическую тюрьму. История нелинейна и концовка зависит от принятых вами решений на протяжении всего прохождения. У протагониста появится возможность выбраться из заточения, стать местной путаной навсегда, либо же сбежать на другой конец галактики, став женой человекоподобного дракона и т.д.