Tokyo Clanpool переносит игроков в постапокалиптическую Японию, где правительство сталкивается с беспрецедентными проблемами. Действие игры разворачивается в Токио недалекого будущего, где между Небесным Городом Переворота и зданием Парламента появляется таинственная башня, приводящая к краху устоявшейся власти. Игрокам предстоит стать на место Нацумэ Каннуки, который во время кризиса становится премьер-министром и ведет в бой отряд членов парламента. Правительственные чиновники используют возможности своих телефонов, чтобы трансформироваться и защищать улицы от вторгшихся существ.
Игровой процесс основан на исследовании подземелий от первого лица и пошаговой механике боя.

В бою используется трехуровневая система: стандартные атаки расходуют очки энергии, магические способности имеют ограниченное применение, а гаджеты - киберсущества, хранящиеся в телефонах, - предоставляют дополнительные тактические возможности. Гаджеты сливаются со своими пользователями, повышая эффективность боя, а лишние устройства служат материалом для крафтинга в Отделе гаджетов. Здание парламента служит центром, где расположены магазины товаров, отдел гаджетов и отдельные кабинеты членов кабинета министров, а дополнительные помещения изначально заблокированы. Боевая группа, получившая название "Диетические куклы", отправляется в подземелья, чтобы противостоять угрозам национальной безопасности.