Fear Equation совмещает в себе пошаговую стратегию, рогалик и хоррор. Главный герой тут машинист. Он управляет поездом, движущимся сквозь зловещий туман, в котором часто пропадают люди. Эта субстанция может делать ночные кошмары реальными. В странном атмосферном явлении помимо кошмарных порождений ходят военные и члены культа бесстрашных. Все они представляют опасность.

Протагонист оказался заодно и инженером. Он смастерил локомотив, специально оборудованный для этой чрезвычайной ситуации. В Fear Equation надо спасать людей и пытаться выбраться из-под этой густой завесы с минимальными потерями. Поезд необходимо заправлять, пассажиров – кормить, а вагоны – чинить и устанавливать на них защиту. Люди постоянно создают проблемы. Во-первых, каждый человек приносит с собой страх, который туман может использовать против всех. Во-вторых, они могут не доверять герою, потому что тот не выходит к ним из кабины и общается с только помощью записок, или слишком сильно почитать его. В-третьих, спасенные персонажи рано или поздно разделятся на 4 группы в зависимости от своих взглядов на происходящий вокруг ужас. Из-за этого остается риск всеобщего восстания и внутренних конфликтов. Также существует вероятность убийств.

Геймплей строится на планировании и принятии решений. Здесь надо организовывать вылазки за ресурсами или просто отправлять добровольцев на разведку, изучать досье пассажиров, налаживать отношения между ними, раздавать указания, читать отчеты, искать подсказки в радиосообщениях. При этом игра не наказывает сразу за опрометчивый выбор и дает возможность исправить ошибки. Каждое новое прохождение в этом тайтле уникальное. Есть возможность настроить машиниста и его пассажиров, а также усложнить или облегчить их жизнь с помощью модификаторов.