Star Control 3 - космический экшен, в котором разработчики значительно переработали игровой процесс, добавив более сложные стратегические элементы, сделали упор на сюжетную составляющую, а также ввели новые расы и множество дополнительных боевых шаттлов. Игра значительно расширилась по сравнению с предшественниками.

История начинается Star Control III со взрыва станции Предтеч "Са-Матры". Капитан видит будущее, где вся галактика оказывается в огне. Появится некая сила, способная уничтожить все расы. Позже у всех представителей вселенной пропадает возможность использовать гиперпрыжки. Герой возвращается на родную планету Унзервалт, чтобы построить боевой шаттл. На нем предстоит совершить путешествие сквозь всю галактику, чтобы отыскать союзников и убедить всех объединиться против общего врага. Расы, которые оказали помощь протагонисту: Люди, Чммры, Майкон, Орзы, Пкунки, Спати, Сирены, Ур-Кваны Кзер-За, Атвиги, и Ваксы. Нейтральные нации Star Control 3: Эксквиван, Геральды, Лк, Оуа, Виро-Инго и Эксчаггеры.

Игровой процесс разительно отличается от предыдущих игр. Вне боевых действий шаттл управляется мышкой. Во флотилии может находиться до 25 боевых кораблей. Запрещается убегать с поля действий. Разрешается колонизировать планеты, добывая различные ископаемые и ресурсы. Можно совершать мгновенные прыжки сквозь галактику, однако для этого действия потребуются огромные запасы топлива.

Педставители Гегемония Креста (или созвездия Южного креста):

• Клэрконктлэр - камнеобразные и дружелюбные воины, управляющие кораблями-башнями;
  
• Дактаклакпак - роботизированные существа, путешествующие шаттлами Вивисектор;
  
• Дугзы - раса рабов, напоминающая собак; корабль - Конструктор;
  
• Харика и Ёрны - хищные и трупоедные представители космоса, перемещающиеся при помощи Опустошителя;
  
• К'танги Каттари - четырехрукие смертоносные убицы; шаттл - Калечиватель;
  
• Плоксисы - необычные существа крысоголовых плутократов, летающие на Грабителе.