Project Root выглядит как скролл-шутер, но на самом деле это аркадный экшен. Пользователь управляет футуристическим истребителем и наблюдает за происходящим с высоты птичьего полета. Геймер может поворачиваться и перемещаться в любом направлении. Здесь экран не двигается вперед самостоятельно. Игра позволяет свободно летать в пределах карты.

В Project Root боевой самолет не гибнет с одного попадания. Благодаря прочной обшивке он способен пережить десяток вражеских выстрелов. У аппарата есть 2 базовых ствола для уничтожения воздушных и наземных целей соответственно. Также можно найти дополнительное вооружение: лучевую пушку, самонаводящиеся ракеты, бомбу, уничтожающую все проджектайлы противника, ракетницу, стреляющую залпами. Эти предметы выпадают из уничтоженных недругов и исчезают после нескольких выстрелов. Истребитель можно прокачивать. В бою юзер зарабатывает опыт, повышает уровни, получает очки и распределяет их по следующим параметрам: броня, маневренность, скорость, сила обычного и специального оружия. В случае поражения вся набранная "экспа" сохраняется. Есть 3 разновидности сложности.

Сюжет посвящен теме злых корпораций. Компания "Прометей" во главе с Деметрио Уоттсом открыла новые технологии и стала производить электричество по очень низкой цене. Это дало ей возможность заручиться поддержкой населения и контролировать почти весь рынок. Группа повстанцев ведет подпольную борьбу с этой организацией и её президентом, так как знает их истинную цель. Юзер воюет на стороне бунтарей. История подается между миссиями. Всего их 9.