В Battlestar Galactica Deadlock мы познакомимся с миром, где Сайлоны восстали. Последние 4 года шла война, в которой Сайлоны планировали уничтожить человечество, но надежды последнего не угасали ни на минуту. В некоторые моменты люди смогли полностью избавиться от Сайлонов на планетах-колониях, но через месяц получали новую атаку, мощнее предыдущей.

Последние события показывают, как Сайлоны напали и уничтожили всё командование Колониального флота на Пиконе, и человечество попало в руки контр-адмирала Люсинды Каин. В её голове продумана стратегия полного уничтожения Сайлонов, но она никого не посвящает в свои задумки. Разработчики отправляют нас в события Первой Сайлонской Войны, чтобы мы смогли научиться тактическому и стратегическому планированию на территории свободного космоса. Бои в 3D стратегии осуществляются посредством Колониального Флота, летучей верфи Дедал. С их помощью мы сможем спасти 12 колоний от угрозы. Мы сможем создать сильный флот, защищать альянсы, изучим конфликт изнутри, и спасем человечество от угрозы геноцида расы. Военные корабли можно проектировать. Офицерский состав легко меняется, и вы сможете нанять новых начальников в любую минуту. Также в игре доступны политические дебаты и решения, использовав которые вы сможете устранять конфликты и поднимать на войну целые цивилизации.