Корабль похищенных душ представляет собой квест для начинающих. Он может подойти детской аудитории. В игре есть выбор персонажа. Можно управлять мальчиком или девочкой. Проект использует вид от третьего лица, иногда переключаясь на ракурс, позволяющий посмотреть на окружение глазами протагониста. Безымянный протагонист Voodoo Kid засыпает в своей кровати, а просыпается на старом корабле. Он населен призраками, а его капитаном является Барон Суббота. Он направил транспорт к острову плененных душ. В Voodoo Kid юному герою или героине надо освободить этих духов, собрать карту и перенаправить судно к земле живых. Также необходимо одолеть злодея. Юному авантюристу помогает зомби-дворецкий.

Структура у игры очень линейная. Геймплей выглядит следующим образом. Персонаж решает загадки на одном экране (иногда на двух), а затем переходит в следующее место. После этого цикл повторяется. Возвращаться на ранее посещенные локации нельзя. Ребенок побывает в трюме, лазарете, палубе, кухне, столовой. Процесс разгадывания головоломок порой разбавляется мини-играми. В них дают пострелять по матросам, подавить жуков и всё в таком духе. Также встречаются ловушки. Угодив в западню, герой ненадолго отделяет душу от тела с помощью куклу вуду и помогает самому себе выбраться, находясь в призрачной форме. Пазлы тут несложные, а пиксель-хантинг в целом отсутствует.