В Рыбка Фредди 2: Дело о школьной краже все начинается с того, как Фредди Фиш плывет по Средиземному морю, чтобы добраться до школы. Вместе со своим другом Лютером, принесшим интересную фигурку коммандос, они заходят в свой класс и видят, как все прячутся под партами. Миссис Кроакер начинается сразу рассказывать историю, как неизвестное привидение крадет игрушки детей. В это время появляется призрак и всех пугает, успевая схватить фигурку Лютера.

Главный герой думает, что привидение не настоящее и обещает всем, что вдвоем они доберутся до него. Они начинают преследовать призрака через подвал школы, а Фредди приказывает врагу остановиться, из-за чего тот случайно теряет игрушку. Лютер успешно возвращает свою фигурку и слышит, как монстр говорит, что обязательно заберет его коммандоса. Протагонист до сих пор уверен, что это существо – подделка. Он решается соорудить ловушку и поставить ее в подвале.

Чтобы сделать ловушку, им необходимо раздобыть 5 деталей. Для этого им потребуется обыскать всю школу, чтобы соорудить препятствие. Геймплей Freddi Fish 2: The Case of the Haunted Schoolhouse идентичен с приквелом, но в прохождении встречаются новые головоломки, полезные и коллекционные предметы. Центральные герои будут встречаться с новыми персонажами, исследовать локации и участвовать в мини-играх. Части, которые надо найти, появляются на карте случайным образом.