Persona 5 предлагает геймеру почувствовать себя в шкуре среднестатистического школьника старшей школы, со своими подростковыми переживаниями и проблемами. Однако главный герой попадает в передрягу и его ложно обвиняют в преступлении. 16-летний протагонист перешел дорогу одному влиятельному политику Сидо, который на глазах у парня приставал к девушке и главгерой решил ее защитить.

Теперь же школьник, в качестве наказания,, переезжает в Токио, где должен целый год прожить без малейшего проступка. Там он и попадает в Бархатную комнату и знакомиться с ее предводителем Игорем, который дает возможность протагонисту попасть в виртуальный мир, чтобы бороться с человеческими пороками. Персонаж становится одним из членов Призрачных Похитителей, задача которых пробираться в так называемые Дворцы. Это небольшое неосязаемое место, которое создает сам человек и, если выкрасть оттуда некое "сокровище", то человек прозреет и поймет все свои пороки. В подземелье Mementos можно попасть сразу же после удачной зачистки первого Дворца.

Помимо основной сюжетной линии, геймер может ходить на подработку, отправлять своего героя погулять с друзьями или сходить на рыбалку. Все это будет повышать статус персоны, а следовательно, прокачивать ее. Со всей своей многочисленной командой можно общаться по телефону, печатая сообщения. В игре можно выбрать уровень сложности, каждый из которых отличается не только силой мобов, но и скоростью удара персонажа, его начальными умениями и возможностями.