По сюжету Mark of the Ninja: Remastered один из ниндзя — Чемпион — обязан расправиться с организацией Гессен. Для этого он проникает в одно из зданий, отключает систему снабжения, расправляется с охранниками и забирает спрятанное оборудование. Эта миссия знакомит нас с поведением главного героя, а также показывает сцену с нанесением специальной проклятой татуировки, усиливающей рефлексы, память, зрение и ловкость ниндзя. С этого момента нашей задачей становится освобождение остальных ниндзя и полное уничтожение Гессена.

На каждом уровне нас ждут ловушки, логические головоломки и задания, за которые мы будем получать очки. Например, бесшумное убийство дает нам 3 очка. Накопив определенное количество очков, вы сможете изучить новые умения вашего ниндзя, купить оригинальный меч-ниндзято, повысить качество своих старых доспехов или купить новые. В добавок к этому на каждом уровне есть 3 бонусных задания, за выполнение которых вы получаете специальный костюм, сделанный под атмосферу локации.

Также все уровни включают в себя свиток Хисоми. Найдя его, вы сможете получить несколько дополнительных очков. Найдя специальные артефакты, находящиеся на уровнях, вы получите несколько тысяч очков. История про ниндзя — Чемпион — гораздо интереснее, если проходить её несколько раз подряд (вся сюжетная кампания длится не более 4-х часов). С режимом Game plus вы сможете повторить сюжет с накопленными очками, приемами и снаряжением.