История Harmonia разворачивается в далеком будущем, когда последняя война оставила мир разорванным и разбитым, пепел покрыл небо, земля была лишена большей части растительности, а воды высохла. Из-за этого численность населения планеты резко сократилась, а оставшиеся выжившие собрались в одном месте, чтобы помогать и действовать сообща.

В это же время на заброшенной и разваленной фабрике пробудился робот Фироид с искусственным интеллектом, обладающий эмоциями и собственным разумом. Еще до войны многие ученые работали над этим проектом, создавая человекоподобных роботов, способных чувствовать. Они были разработаны в роли партнеров для людей, обещая лучшую жизнь всему человечеству. Как только этот робот проснулся, он понял, что его эмоции не настоящие. Но он обладает врожденным чувством желания быть вместе с людьми.

Фироид начал собственное путешествие, чтобы обрести потерянные эмоции, перемещаясь по опустошенному миру. Однажды его заметила молодая девушка, но она подумала, что это человек и начала ухаживать за ним, приведя его в небольшой, но приятный городок. Проводя больше времени с людьми, главный герой постепенно узнавал, что такое эмоции. Игровой процесс – визуальная новелла, где пользователю предстоит общаться с второстепенными персонажами и выбирать реплики, влияющие на дальнейшую судьбу сюжета.