XBlaze Code: Embryo – приключенческая визуальная новелла, в которой повествуется о главном героя Тое Кагари, жителе города Шин Ёкодзаки. На данный момент он обучается на втором курсе элитной академии Хакуоу, находящейся на Севере. Протагонист – ответственный и серьезный человек, контролирующий свои действия и кажущийся чем-то большим, чем обычный человек средней школы.

Однажды он возвращался с подработки, и услышал загадочный звук, которые донесся до него из глубины Запретной палаты, зоны, закрытой для постореннего персонала после того, как там произошла ужаснейшая катастрофа несколько лет назад. Он знал, что вход запрещен, но любопытство взяло вверх, после чего он рискнул и проник глубь палаты. Он наткнулся на человека, который был серьезно ранен. Он подбежал к человеку и начал спрашивать, нужна ли ему помощь, как тот встал и начал кричать: "Ты враг!". После этого подбежала неизвестная девушка с мечом.

Спасительницу центрального персонажа звали Эс, солдата из агентства Мицуруги. Протагонист попал в запутанную историю и неизвестными людьми и странными событиями, когда на каждом шагу его могла ждать смерть. В процессе представлено несколько персонажей, играющих первостепенную роль. Это Мэй Аманохокосака, Куон Гламред Штрохейм, Эй, воин с анти-способностями, Хината Химезуру и протагонист Той Кагари.