Процесс в LOST SPHEAR начинается с того, как неизвестный человек наблюдает за крахом собственного королевства. После чего показывается молодой человек Каната, выполняющий поручение в поселение Элгарте вместе с друзьями. Однажды они обнаруживают, что вся деревня исчезла, а территория окутана белым туманом.

Перемещаясь по местности в поисках убежища, Канате снится разговор с человеком, который сообщает ему, что тот способен восстанавливать утраченные вещи в тумане, используя воспоминания о них. Он применяет эту силу и воскрешает телесную форму короля. После того, как группа в убежище просыпается, вскоре они натыкаются на странника Вана, присоединяющегося к отряду. Возле ближайших руин главный герой собирает воспоминания жителей окрестностей, молившихся на алтаре. Он использует их мысли, чтобы восстановить Эльгарте.

Увидев, какой силой обладает Каната, командующий Галдра из Империи Гиганте просит о помощи, чтобы тот восстановил пару других мест и людей, исчезнувших в странном тумане. Игра предлагает новый опыт в жанре JRPG. Центральный персонаж страдает от явления, о котором никогда не знал. Игрок столкнется со зловещей силой, угрожающей тканям реального мира. Сила Памяти поможет вновь создать то, что когда-то было утеряно. В геймплее представлена улучшенная боевая система со свободными боями и обширными аренами.