Shadow Harvest: Phantom Ops – шутер от третьего лица, имеющий двух протагонистов – Арона Альвареза и Миру Ли. Их уровни обладают разным типом геймплея. Если Арон предпочитает пробиваться вперёд по локациям благодаря грубой силе и частыми перестрелками, то Мира вынуждена полагаться на свои навыки скрытного перемещения по территории, кишащей врагами, которые находятся за каждым углом.

Сюжет происходит в африканской стране Сомали, где процветает бандитизм, беззаконье и пиратство как на суше, так и в морских пространствах. Власть в этом государстве имеет страшный диктатор Карим Кимосейн, создавший вокруг себя серьёзную защиту в лице армии, которая позволяет ему безнаказанно нарушать права жителей своей державы, чем навлекает волны протестов и ненависти к своей персоне. В его планы вмешиваются американские спецназовцы, желающие остановить Карима и спасти от гнёта африканцев, проживающих в Сомали. Временем действия станет 2025 год, не сильно отличающийся по декорациям от нынешнего времени.

В игре отсутствует авторегенерация полоски жизней, что относит его больше к классическим стрелялкам, ведь и в них восстановление происходило с помощью подбора аптечек. Сложность создается за счёт точной стрельбы отрядов противников, малого количества хилок на уровнях и редких точек автосохранения, из-за чего одна неосторожная атака, повлекшая за собой смерть протагониста, отбросил назад слишком далеко.

Мира имеет костюм, делающий её невидимой на некоторое время и арбалет с разными типами болтов. Помимо стандартных, в распоряжении есть наноснаряды, скрывающие трупы врагов и аттракторы, позволяющие привлекать внимание противников в нужное место.