Deeproot Manor рассказывает о трагической истории Эмили, которая пробирается в заброшенный особняк посреди густого леса. Её брат Ричард пропал, но следы навели ее на странное местечко в глуби леса. Она отправляется в опасный поход, чтобы добраться до своего родственника, но она и не подозревает, что ожидает ее по ту сторону зловещей территории.

В игровом процессе пользователь контролирует девушку, исследуя окружающую местность и стараясь обнаружить ключевые предметы. На пути предстоит решать головоломки и попытаться избежать смертельно опасных столкновений с неизвестными существами, агрессивно настроенными против героини. Геймплей разработан единственным человеком, а геймер получит награды за проявленную внимательность, поскольку многие предметы помогут при прохождении, хоть и не нуждаются в обязательном поиске.

По ходу прохождения юзер узнает о сюжете между Ричардом и Эмили, открывая новые локации в огромном особняке. Чтобы добраться до брата, потребуется исследовать местность и разгадать тайны этого места. Проблески мрачных воспоминаний разблокируются, если решать трудные задачи и добираться до важных объектов, находящихся где-то в округе. Атмосфера хоррора будет держать пользователя в постоянном напряжении: ужасающие звуки, скрипы посторонних шагов, мерцание света и мрачные комнаты.