В YOU and ME and HER: A Love Story вы узнаете историю о красивой пчелиной королеве школы Мюики, а также об очаровательном и неуклюжем неудачнике Аое. Игра представлена в виде визуальной новеллы, где вам предстоит наблюдать за продвижением прекрасных романов, происходящих между центральными персонажами. Изображения и анимации были сделаны Цудзи Санты, а система выбора позволит получить собственную концовку.

Сюжет начинается с того, как Шиничи решает помочь доброму изгнаннику Аоя, а тот заручается поддержкой самой популярной девочки в школе. В этот момент в истории между героями появляется романтика, треугольник начинает шататься, а дальнейшая судьба подопечных становится неопределённой. Разработчики предоставили профессиональную озвучку во время диалогов и монологов главных героев. Единственное, чего желает Шиничи – спокойной жизни. Раньше он был близким другим Миюки, но его стремление к обычной жизни не дает им быть чем-то большим, чем просто одноклассниками.

Все меняется, когда странноватый Аой внезапно попытался поцеловать, а Миюки появляется настолько вовремя, что останавливает задуманное. Из-за этого Шиничи чувствует желание пролить свет в глаза этой девушек без присутствия друзей. После этого он обращается за помощью к Миюки, рождая трио главных персонажей. Через многие деньки, Аой понимает, что означает дружить, но в это же время в сердце Миюки вновь пробуждаются давно спящие чувства.