Run, my little pixel – это раннер, где нужно двигаться вперед и обходить препятствия, прыгая с одной поверхности на другую. По пути персонаж должен будет сразиться с врагами и прикончить боссов. Геймплей состоит из нескольких игровых техник. Главный герой при помощи прыжков или двойных прыжков преодолевает блоки, после чего его атакую враги, которых он может уничтожить оружием. Для сражения с врагами используется мышь. Персонаж может двигаться по трем дорожкам, расположенным последовательно. Полоса движения меняется нажатием на кнопку.

Преграды в Run, my little pixel расположены на разном расстоянии друг от друга, они находятся не только под ногами, но и вверху. Гравитация играет важную роль, поэтому необходимо правильно рассчитать время для прыжка, чтобы не проиграть. Интерфейс простой, не перегруженный деталями. Пиксельная графика, фон выполнен в серых тонах, а противники окрашены в оранжевый, как и выстрелы. Музыкальное оформление состоит из двух песен, которые повторяются на протяжении игры и делают прохождение более атмосферным.