В центре сюжета BeeFense находятся пчелы, которые пытаются противостоять противным жукам, желающим отобрать у трудяг мед. Главным героем выступает стратег по обороне, который должен разработать план защиты от назойливых противников, чья наглость, хитрость и скорость постоянно меняются. От мелюзги можно отбиться и пулеметом, для больших врагов придется использовать метатели жал, а для юрких замаскированных хитрюг понадобится смотровая. Оружие можно улучшать, к примеру, добавлять клейкость или возможность стрелять огнем. Для тактики размах будет поменьше, так как локация поделена на участки, но размещать орудия можно на каждом из них с учетом особенностей. В BeeFense доступен менеджмент: игрок управляет пчелами, посылая их на сбор ресурсов или давая им другую работу.

Есть 4 типа ресурсов

• Пыльца. Выполняет роль валюты, за нее приобретаются разные предметы.
  
• Нектар. Питание, которое дает насекомым здоровье.
  
• Вода. Служит бустером, усиливая на некоторое время орудия нападения и защиты.
  
• Красные колбы. Играют роль очков апгрейда.

Также необходимо будет разводить новых пчел и следить за ними во время сражений, перемещая их на новое поле, если на старом закончилась подпитка и пыльца. Обездвиженного персонажа спасти можно при помощи ключей. Их можно приобрести, воспользовавшись очками прокачки.
В управлении участвует только мышь, что может создавать трудности, также новичкам может быть тяжело освоиться из-за большой перегрузки событиями.