Grandia 2 рассказывает о событиях, которые произошли спустя тысячелетие после окончательной победы добра над злом, бога света Гранаса над богом тьмы Валмаром. На земле царит мир, а государством управляет церковь. Но даже самое светлое добро не может быть на 100% хорошим, и по мере развития сюжета игроку предстоит в этом убедиться еще не раз.

Основные действующие лица:

• Рюдо – молодой наемник, промышляющий убийством монстров. У парня есть необычный орел Скай, который является скорее мудрым наставникоом и помощником в сражениях;
  
• Елена – певица церковного хора, чародейка, способная исцелять больных и раненых;
  
• Милления – волшебница-разрушительница, подпитывающаяся недоброй энергией бога тьмы;
  
• Роан – спутник главгероя, 13-летний мальчик из благородной семьи;
  
• Марег – умудренный жизнью звероподобный воин с топором;
  
• Тио – андроид, приспешница Валмара, которая впоследствии перешла на сторону Рюдо и стала испытывать неведомые доселе эмоции.

Бои между персонажами игры Grandia II происходят на отдельном экране и пошагово. Геймер видит шкалу времени, которая постепенно заполняется от действий главгероя. Когда достигнута отметка СОМ, можно нанести сразу два удара, а при достижении отметки ACT на врага обрушивается вся мощь персонажа. Такая система позволяет проявлять тактические навыки и не давать противнику шанса нанести урон главгерою. Кроме того, воины могут использовать накопленные баллы Магии (если хватает маны), Инициативы или Здоровья.