В Zoo Tycoon 2 игроку предстоит построить собственный зоопарк и управлять всеми его аспектами. Как и в предыдущей части, открыт доступ к проектированию экспонатов, аквариумов, мест для посетителей и изменению окружения. Чтобы зарабатывать средства, потребуется поддерживать сотрудников, а гостей провожать счастливыми.
 
В режиме редактирования геймер способен создавать экспонаты для разных животных, изменяя почву, делая возвышенности или низменности, добавляя воду, листву, камни или укрытия. Звери нуждаются в правильной для них среде обитания, возможности утолить жажду и голод. Гости наблюдают за жизнью животных, но иногда им хочется посетить буфет, туалет, посидеть на лавочке или поучаствовать в развлекательных программах, что заставит их потратить больше денег. Пользователь способен обставить окружение декорациями, красивыми дорожками и другими элементами, чтобы украсить зоопарк.
 
В геймплее имеется 3 режима: свободный, сюжетная кампания и испытание. В кампании предстоит разыгрывать определенные сценарии и выполнять основные цели, преодолевая препятствия. В "Challenge" прохождение начинается с нуля, постепенно юзер получит разные испытания, а их можно принимать или отклонять. Для управления даётся ограниченное количество средств, и действуют ограничения к доступу к животным и предметам. В "произвольная ферма" можно создать зоопарк с неограниченными деньгами и открытым доступом ко всем элементам.