Действия Syndicate Wars разворачиваются в 2191 году, спустя 95 лет после окончания предыдущей части. На старте прохождения пользователи берут управление над синдикатом с названием EuroCorp, который находится на пике своего могущества. Мегакорпорация способна контролировать планетой при помощи многочисленной армии, военных технологий и невероятной экономики. Организация пользуется Технологией имплантации CHIP, необходимой для управления искусственного интеллекта.

Геймер – недавно нанятый руководитель корпорации. Юзеру предстоит принимать корпоративные решения, подключившись к глобальной коммуникационной сети. Иногда имеется возможность контролировать отдельных агентов или сотрудников Церкви Новой Эпохи. В процессе сохранился стандартный изометрически стиль, при этом высота тона поменялась, а также изменилось управление вращением.

Пользователю предстоит пройти свыше 20 заданий. Энергия вооружения, здоровье и щиты будут постепенно восстанавливаться у агентов. Перемещаясь по локациям, подопечные смогут подбирать оружие. Новые предметы приобретаются после завершения технологических исследований. На старте доступно Узи, Огнеметы и миниганы для пользования. Пройдя через трудности, геймер откроет доступ к импульсным лазерным винтовкам, электронным булавам, плазменному копью или гравитационным пушкам. Все объекты окружения подвергаются полному уничтожению, а зарабатываемая валюта требуется для проведения исследований и покупки оборудования.