Сюжет Girls in Glasses начинается с рассказа о студенте Хидеказу Акэти, ученике второго курса Академии Сакурахане. Он живет вместе с отцом, но большую часть проводит в одиночестве, поскольку его папа часто уезжает в командировки и по делам. Когда он был моложе, его мать скончалась, но сейчас приближается весна, окружение цветет, но в школе падает одна из сакур, а Акэти не обращается на это внимания.

Однокурсница Кана Мебусаки, подруга и сосед детства говорит протагонисту, что весна – время новым начинаниям. Девушка немного легкомысленна и всегда энергична. Следующий день начинается с того, как Хидеказу опаздывал в школу, из-за того что проспал. По пути он встретил Котоми Гарей, старосту класса. Она немного популярная в школе, поскольку учится на первом курсе, но уже баллотируется в студенческий совет. Она отчитывает парня за то, что тот опоздал, но через время он помогает ей закрыть ворота, из-за чего Гарей смотрит в другую сторону и отпускает, не желая наказывать центрального персонажа.

Через время Хидеказу знакомится с Ирохой Ненегавой, студенткой 3-го курса, которой он помог достать книгу на высокой полке. Геймплей заключается в общении между персонажами. Подопечный каждый день проводит время с девушками и узнает о них больше, становясь ближе. Прохождение выполнено как симулятор, где пользователь способен посещать разные места, общаться с героями и выбирать реплики для ответов, что повлияет на разговор и сюжет в целом.