Pest Control дает возможность побыть виртуальным дезинсектором. Игра сочетает в себе два жанра. Это симулятор истребителя вредителей и пошаговая тактика. В этом тайтле всего один юнит.

В Pest Control под контроль дают парня по имени Ленни. Можно снаряжать его основным и вторичным оружием, бинтами, ловушками, спреями и другими вещами. Для разных типов существ необходимо различное снаряжение. В игре 24 вредителя. Среди них есть реальные животные, вроде крыс, и мифические создания. Например: енот-оборотень.

Кампания состоит из 87 заданий, включая сюжетные и второстепенные миссии. В них просят захватить или нейтрализовать вредителей, убрать следы их пребывания и так далее. Также в наличии дополнительные режимы: "Защита Башни", "Террор", "Приключения". Схватки с жуками, грызунами и другими врагами проходят на 39 локациях. Герой побывает на складе, вилле, поврежденном здании, кемпинге и прочих помещениях.

Между работой можно улучшать базу и крафтить предметы. В лаборатории и мастерской протагонист создает оружие, жидкости, разбрызгиватели, инструменты, ловушки и даже маленьких роботов. Необходимые материалы покупаются в магазине или находятся на месте во время выполнения заказов. Персонаж повышает уровни и прокачивается. У него есть 4 характеристики (здоровье, инициатива, шанс критического урона, очки действий) и дерево с пассивными навыками.