Игровой процесс Проект Эдем совмещает элементы шутера от первого лица и головоломки. Присутствует возможность смены виды от третьего лица. В прохождении пользователь будет менять управление между 4 центральными персонажами. Каждый из них является агентом UPA. Агенты по защите города обладают собственными специальными способностями.

Геймер попадает ниже черты города в государстве, где определенные жилые участки были отделены между собой, показывая, где живут бедные и богатые. Задания произойдут на заброшенных строениях и окрестностях, где случаются вооруженные конфликты и другие преступления. Подопечные в Project Edem не могут умереть. При малом здоровье они попадают на последнюю контрольную точку. В местах, где требуется решать головоломки, их шкала ХП постепенно восстанавливается, что позволяет вступить в следующие бои с полными силами.

Возглавив отряд 4 агентов УПА, юзер узнает о сверхспособностях Картера, Андре, Миноко и Эмбера. Оперативники могут комбинировать навыки и улучшать их по мере прохождения. Картер обладает ловкими пальцами и лучшей сноровкой для допроса. Миноко – талантливый хакер, справляющийся с любыми терминалами. Эмбер – эксперт по оружию и скрытый агент. Они были отправлены на исправления проблем на фабрике Real Meat, где всё оборудование начало сбоить. Техника, отправленная для ремонта, бесследно пропала, а четыре сотрудника УПА получили новый приказ.